Ich vermute, du benutzt den Posteingang als Archiv. Das solltest du zukünftig sein lassen, wenn du auf Dauer Mailverlust verhindern willst.
Allerdings wirkt das Komprimieren erst, wenn man dort alles gelöscht/verschoben hat.
Man sollte wissen: Thunderbird löscht fast nie etwas, auch wenn man es nicht mehr sieht.
Der Posteingang sollte leer sein.
http://www.thunderbird-mail.de/wiki/Ordner_komprimieren