Schon mal versucht, das Konto zu entfernen, auf dem Webserver alle unerwünschten Ordner zu löschen, alle Reste des Kontos im TB-Profil zu löschen und dann das Konto neu hinzuzufügen?
Das Problem bei IMAP und Thunderbird ist, dass es Mailprovider gibt, mit denen die Kommunikation exakt ist und doppelte Ordner nicht vorkommen.
Bei anderen wiederum ist es wie ein Krankheit. Es muss mit den Einstellungen der Server zu tun haben, wenn das Problem auftritt.
Ein Grund sind die Ordnernamen, die manche Server in Deutsch andere in Englisch benennen. Diese wiederum möchte TB übersetzen/umbenennen, welches Server wiederum nicht mag und so neue Ordner erzeugt werden, wer das jetzt genau macht, TB oder Server, dahinter bin ich noch nicht gekommen.
Das Problem gibt es aber schon solange ich mit TB arbeite.